აფხაზთა და ქართველთა მეფის, ბაგრატ III-ის მიერ (978-1014 წწ.) ღვთისმშობლის მიძინების სახელზე აგებული, რომელსაც თავისი ხუროთმოძღვრული და მხატვრული ღირსებით განსაკუთრებული ადგილი უჭირავს ქართული არქიტექტურის ისტორიაში. ისტორიულად იგი გაერთიანებული საქართველოს სიმბოლოა.
ბაგრატის ტაძარი აგებულია X-XI საუკუნეების მიჯნაზე, ბაგრატ III-ის (975-1014) მეფობაში. ჩრდილოეთ კედლის წარწერის თანახმად, ”ქ. ოდეს განმტკიცნა იატაკი, ქორონიკონი იყო 223” (1003წ.). იგი ქვეყნის ერთიანობისა და ძლიერების სიმბოლოა.
XVII საუკუნის დასასრულამდე ძეგლი უვნებლად იდგა. ბაგრატის ტაძრის შესახებ მნიშვნელოვან ცნობებს გვაწვდის 1650-52 წლებში იმერეთში ჩამოსული რუსი ელჩების ტოლჩანოვისა და იევლევის ჩანაწერები. მათ მიერ მოხსენიებულია ტაძრის ახლომდებარე ნაგებობები, სამრეკლო კოშკი, რომელიც თითქმის დაუზიანებლად დღემდეა შემორჩენილი და სასახლეები.
ვახუშტი ბაგრატიონის ცნობით, 1692 წელს ოსმალებმა ტაძრის გუმბათი დააქციეს. დროთა განმავლობაში მისი ნგრევა გრძელდებოდა. ამჟამად დაფუძნებულია `ბაგრატის ტაძრის აღდგენის ფონდი, რომლის მიზანია ტაძრის რეკონსტრუქცია თანამედროვე ტექნოლოგიების ფორმატით. 1994 წლიდან ბაგრატის ტაძარი იუნესკოს მსოფლიოს კულტურული საგანძურის ძეგლთა სიაშია. 1995 წელს ტაძარში აღდგა ღვთისმსახურება. 2009 წელს საქართველოს მთავრობამ დაიწყო ძეგლის სრული რესტავრაცია.
